Двухэтажное кирпичное здание мечети, третий этаж которого был надстроен в советское время, построено в 1768-1769 гг. на средства купца Якупа Султангалеева. С её возникновением образовался второй официально зарегистрированный мусульманский приход в г.Казани. Первоначально здание было в пять окон по фасаду. В 1872 г. прихожане, собрав 5000 рублей, сделали к нему с северной стороны двухэтажный в три оконных оси кирпичный пристрой с лестницей (архитектор П. И. Романов). Через 10 лет, в 1882 г., коммерции советник Исхак Губайдуллович Юнусов возвел вокруг мечети кирпичную ограду и построил в ней одноэтажную лавку (ныне ул. Насыри, 25), которую уже в 1887 г. купец Апанаев расширил и надстроил вторым кирпичным этажом.
Одним из первых имамов Апанаевской мечети был Салих Сагитов, уроженец деревни Килеево (ныне Балтасинский район РТ), учившийся в Саудовской Аравии и Бухаре. Он учредил во втором приходе медресе и прославился как высокообразованный мударис (преподаватель). В 1831 г. имамом мечети, сменив муллу Фахрутдина., стал Исхак Сагитов, также известный педагог и богослов, окончивший одно из бухарских медресе. После его смерти в 1838 г. обязанности имам-хатиба были возложены на выходца из деревни Дусаево (ныне Мамадышский район РТ) Мухаметкарима Мухаметрахимова. Он прослужил здесь до 1861 г. Затем на эту должность выбрали сына И. Сагитова - Салахутдина. С. Сагитов стал последним из плеяды священнослужителей Апанаевской мечети, ориентировавшихся на традиции средневекового Востока и, в частности, Бухары. Он умер в 1875 г., а 19 октября 1876 г. главой прихода стал, не без подсказки губернского правления, мулла Тазетдин Баширов (1813 - 1879). До этого он был муллой в деревне Большой Менгер (ныне Атнинский район РТ). С 1880 г. имам-хатибами Апанаевской мечети были отец и сын Салиховы. Первый из них, уроженец и бывший мулла деревни Чирши Казанского уезда (ныне Высокогорский район РТ) Абдулгаллям Салихов (1832 - 1899), второй - Мухаметкасим Салихов (1871 - 1954), многое сделавший для утверждения в приходе новометодного образования.
Апанаевская мечеть относилась к самой богатой махалле города, родовому гнезду знаменитой купеческой фамилии Апанаевых. Поэтому содержание храма и его священнослужителей считалось здесь одним из лучших в городе. Кроме того, оно поддерживалось доходами от лавки в ограде мечети в размере 400 рублей в год, арендной платой за использование ее кладовых (372 рубля в год), процентами с капитала, завещанного купцами Усмановым и Апанаевым (102 рубля в год) и другими источниками.
Приход мечети объединял улицы Левую набережную Кабана, Захарьевскую, Апанаевский переулок, Поперечно-Третью и Поперечно-Екатерининскую улицы. В нем в начале XX века насчитывалось 300 душ мужского пола при 38 домовладельцах.
Cогласно постановления СМ РСФСР № 1327 от 30.08.60 г. мечеть
"Апанаевская" признана памятником архитектуры федерального значения.